隔壁的女孩故事发生在解放战争时期。潜伏在国民党內部的中共地下党员马昀飞（于震 饰）被任命为国防部特勤组长，带人到东京押解南京大屠杀的元凶石岩夫（刘文治 饰）回国审判，不料一路上受到种种波折和阻挠，里面有军国主义的死硬分子，也有隐藏在军委会的汉奸高官。特勤小组在马昀飞带领下，始终将民族大义和国家利益放在首位，沖破各种艰难困苦，终于将战犯押解至南京法庭，并捎带揭露出731细菌部队的骇人暴行。正当完成仼务准备归队，闻讯传来石岩夫旧部劫狱的消息，马昀飞再次飞赴一线，与其劫狱旧部展开搏杀，他的英勇行为连一直监视他的孟凡彬（黄俊鹏 饰）都感到由衷赞叹......