屋顶上的女孩主角是一群逃离濒死的母星来到地球上的外星人之一，他们入侵了人体分散于美国的不同角落，不断地尝试去找到彼此，一起同化人类然后在现代的美国社会里生存下去。但在主角遇到了形形色色的人类后，它的情感受到了不小的冲击，内心的想法也慢慢地发生了变化。