电影十二生肖哈利波特（丹尼尔•雷德克里夫 Daniel Radcliffe 饰）结束了假期，即将回到霍格沃兹继续学习魔法。一个叫多比的家养小精灵警告哈利不要回到霍格沃兹，否则会陷入极大的危险。哈利没有听从多比的劝告，回到了霍格沃兹。很快，霍格沃兹发生了一连窜怪事:接二连三出现学生被石化，一直找不出原因。而哈利总能听到一种奇怪的声音，从墙壁里传出来。