魔法少女奈叶剧场版本剧改编自永井三郎的同名漫画，以封闭的平成年代的乡下为舞台，三岛大志被同班同学欺负，理由是三岛很“GAY”。实际上喜欢男性的三岛并没有反抗，只是把藏起来的女装当作心灵的寄托。有一天，三岛在屋顶上看见了霸凌团体的首领桐野拿着自己以前丢失的口红。他把三岛用过的口红，涂在自己的嘴唇上… 在这个世界上的某个地方追求着“真正的自己”的地方少年们的青春故事。