云巅之上第二季明朝末年，皇帝昏庸，曾保家卫国屡建功勋的锦衣卫被奸佞利用，沦为暗杀工具，令世人闻风丧胆。因谋权篡位而被施以刖刑的庆亲王（洪金宝 饰）虽被流放塞北多年，然野心不死，暗中勾结大太监贾精忠（罗家英 饰），企图卷土重来。贾精忠在中土掀起一场腥风血雨，不愿苟从者格杀勿论。锦衣卫指挥史青龙（甄子丹 饰）在执行任务过程中因发现贾精忠阴谋而被追杀，身受重创后委身正义镖局以图保护玉玺。茫茫大漠，青龙在镖头之女乔花（赵薇 饰）以及天鹰帮帮主大漠判官（吴尊 饰）的帮助下准备阻止庆亲王与贾精忠的阴谋，此时，庆亲王义女——拥有绝世武功的脱脱（徐子珊 饰）身负追杀青龙的使命亦赶至雁门关……