魔法少女奈叶剧场版为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真 配音）、艾莉丝（悠木碧 配音）带着各自的小伙伴继续在世界各地旅行。这次他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝的比赛，在比赛的时候，小智多次得到一个神秘的小家伙的帮助。他的反常举动引起了当地的美丽女孩卡莉塔的注意，最终众人发现，那个帮助了小智的家伙就是传说中拥有神奇力量的神奇宝贝比克提尼（水树奈奈 配音）。　　早在一千多年前，艾茵多奥克所在的土地上有一个美丽富饶的大地之乡，可是两个王子的争斗摧毁了这个国家的宁静。老国王借助比克提尼的力量暂时稳定住了龙脉，而大地之乡则从此衰败。作为古国的后裔，卡莉塔的哥哥德雷多（つるの剛士 配音）决定依靠比克提尼重建大地之乡……