名侦探柯南688一架搭載囚犯彼德柯洛寧前往李文華特監獄服無期徒刑的飛機，途中因囚犯友人雪娜與安德魯攜械上機，導致劫機事件在高空中發生！面對機上有兩百名人質與炸彈威脅，曾捉拿彼德到案的警察法蘭克與丹妮兩人膽顫心驚與劫機客交涉。最後，在女機長羅妮刻意迫降與男乘客伺機將劫機客資料外洩給警方情況下，順利將三名劫機客制伏。