电影少林小子東京奪還編、開戦。　　謎の少年・スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。　　日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女・天王寺曖だった。　　彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。　　そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。